Es un pequeño municipio situado en la vertiente norte de la sierra del mismo nombre, en la margen izquierda del río Villamorico o Vena, a escasos 18 kilómetros de Burgos y con un entorno natural muy interesante, que debe su fama a los yacimientos arqueológicos prehistóricos encontrados en su término. Atapuerca como tal, aparece documentada en el año 963, cuando un escribano refleja la donación que doña Fronilde hace al abad y monjes del Monasterio de San Pedro de Cardeña llamándola Adtaporka. Hay que recordar que los castellanos aparecieron por estas tierras del Arlanzón a finales del siglo IX, en un intento de recuperar a los árabes las tierras perdidas, fundando con ello asentamientos y poblados con unas reglas y una forma de vida comunes.
Como en los pueblos de la zona, qué duda cabe que el Camino de Santiago también ha influido, y sigue haciéndolo, en la forja de su historia. En el año 1054 Atapuerca se ve inmersa en la batalla que lleva su nombre, entre navarros y castellanos. Esta tierra era línea fronteriza entre ambos y por ello, causa de disputa. Más tarde Doña Urraca dona la villa de Atapuerca a la Orden Militar del Hospital de San Juan de Jerusalén, y luego Alfonso VII a mediados del siglo XII, mediante carta, confirma esta donación confiriéndole también fuero, pasando así del dominio real al eclesiástico. Ya en el siglo XVIII, la villa vuelve a figurar como de realengo y forma parte del partido de Castrojeriz dentro de la Hermandad de los Montes de Oca.
La arquitectura tradicional de Atapuerca es la propia de la zona, y conserva su fisonomía aun con el paso del tiempo, destacando las casas de entramado que utilizan madera, adobe y piedra. En un pequeño altozano está la iglesia de San Martín de Tours, de los siglos XV y XVI con mezcla de estilos gótico y renacentista, dentro de ella nos llama la atención un bonito retablo mayor y la estatua ecuestre del santo titular del templo.
En frente a la Plaza Mayor cruzando la carretera están las escuelas, que fueron inauguradas según la placa conmemorativa en el año 1932. Es un sólido edificio de piedra que distribuido casi en horizontal, sin alturas, a día de hoy alberga una exposición sobre los hallazgos de los yacimientos arqueológicos de la sierra y también el centro de recepción de visitantes desde donde se organizan las visitas al interesante parque arqueológico, con un representación de un campamento de vida troglodita y talleres y como no a los yacimientos. Curiosos de ver son los túmulos dolménicos o monumentos funerarios, que están en las inmediaciones de la localidad y que se identifican con el trazado que desde San Juan de Ortega llega directamente hasta aquí. Y lo que más caracteriza al pueblo y más renombre le ha dado son los Yacimientos Prehistóricos de la Sierra de Atapuerca, situados unos 500 metros al Noreste de Atapuerca.
Atapuerca celebra el 11 de noviembre fiestas en honor a San Martín, las de Acción de Gracias son el primer domingo de septiembre y el 30 de noviembre conmemora la fecha en que la declararon Patrimonio de la Humanidad.
Desde hace unos años se realiza una representación de la popular Batalla de Atapuerca, suele ser a mediados de agosto y en ella participan un número importante de actores no profesionales. Se celebra al aire libre en la ladera de detrás de la iglesia de San Martín. En la misma jornada en las plazas del pueblo hay mercado medieval.
Atapuerca ha jugado un papel muy importante en la protohistoria del hombre, puesto que en este lugar se localizaron los restos del Homo Antecesor, el hombre más antiguo de Europa.
Para llegar a Atapuerca se puede hacer siguiendo la N-I hasta el desvío a Olmos de Atapuerca, cercano al municipio de Quintanapalla y de allí continuar hasta Atapuerca. En la N-120 entre Burgos y Logroño encontramos el otro desvío, cerca de Zalduendo que nos lleva hasta Atapuerca, pasando por Santovenia de Oca y Agés.
El servicio de bus que cubre la línea Burgos-Cerratón de Juarros tiene parada en Atapuerca. También se puede acceder en autobús desde la capital burgalesa, con la línea Burgos-Logroño con parada en la nacional.
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