Forma parte de una extensa comarca situada al noreste de la provincia de Burgos, inmersa en los Montes de Oca y muy cerca de la Sierra de Atapuerca, en un entorno rico en recursos naturales, en paisajes, en arte e historia. El pueblo de San Juan de Ortega junto con Barrios de Colina e Hiniesta forman el Municipio de Barrios de Colina. A nivel administrativo San Juan de Ortega es lo que se conoce como Entidad Local Menor o Junta Vecinal en la que el alcalde pedáneo es el presidente de dicha junta compuesta a su vez por la asamblea de vecinos censados en la localidad. Es a finales del siglo IX cuando comienzan a levantarse poblamientos pequeños que se consolidaron como poblados en el siglo X y con autonomía propia, pero poco a poco fueron integrándose unos en otros. En la Edad Media no se conoce aún a estos lugares con el nombre de Barrios y es en el siglo XVII cuando los poblados, que luego lo integran, se acogen bajo este nombre. Aunque había pasado ya el año 1000 y el peligro de Almanzor, los Montes de Oca, con copiosas nevadas en invierno y hábitat de lobos y osos, fueron propicios para escondite de ladrones que asaltaban a los peregrinos que por aquí pasaban en su ruta jacobea.
Los avatares que vivia la zona en esta época no fueron impedimento para que un día Juan decidiera fundar en este lugar un pequeño monasterio y edificar una iglesia. Nacido en 1080, en Quintanaortuño, en el seno de una familia noble, colaboró con su maestro Santo Domingo de la Calzada en abrir caminos y construir puentes que facilitaran el paso a los peregrinos por esta zona del Camino de Santiago. Después del fallecimiento en 1109 de su maestro Domingo, Juan decide, en 1111, peregrinar a Jerusalén, en donde ya su fama de Santo milagrero comienza. En el viaje de regreso a su tierra sufre un naufragio del que se salvó encomendándose a San Nicolás de Bari, "patrono de los marineros y salvador de náufragos, protector y defensor de pueblos" y como gratitud a este hecho prometió edificar una capilla en su honor. El lugar para ello, el ahora conocido como San Juan de Ortega. El apoyo real de la reina doña Urraca y su hijo Alfonso VII, de quien fue confesor y consejero, y bajo el amparo del Papa Inocencio II y con la colaboración de canónigos regulares de la orden de San Agustín en el siglo XII el monasterio de San Nicolás, conocido desde el siglo XIII como de San Juan de Ortega, comienza su existencia convirtiéndose en lugar custodio de múltiples reliquias que el santo Juan trajo de Tierra Santa. Junto al monasterio construyó también un albergue y un hospital para alojar a los peregrinos. En el siglo XV el obispo de Burgos mandó que fueran los monjes de San Jerónimo los que lo habitasen y estos fomentaron la espiritualidad del Sepulcro del Santo y crearon una farmacia que asistía a muchos pueblos de la merindad y a otros fuera de ella, estuvieron en el monasterio hasta la desamortización de 1835, cuando los bienes del monasterio fueron vendidos en subasta pública. San Juan de Ortega como es conocido fallece en el 2 de junio año 1163 pero su obra, como hemos visto, continúa durante años dando lugar hoy en día a este bello complejo monacal.
De todo este emblemático conjunto arquitectónico, nacido por la construcción de diferentes edificios entre los siglos XII al XVII sin perder el significado de su origen ni la finalidad para la que fueron edificados, el edificio más antiguo es la Capilla de San Nicolás de Bari o lo que es lo mismo "Capilla del Santo", pero el más representativo es el de la iglesia, en cuyo edificio se hace patente la transición entre el románico y el gótico. Dentro de ella el resplandor que emite la blancura de sus piedras dejan admirar un bonito conjunto de obras estructurales y monumentales. Lo primero que llama la atención es el Baldaquino de San Juan de Ortega, tallado con distintas escenas sobre la vida y milagros del Santo, es de estilo gótico isabelino del año 1464 y lo más curioso es que aquí no se encuentran los restos del Santo. La iglesia tiene una cabecera de tres ábsides, en el izquierdo podemos ver presidiéndolo, la imagen de Santo Domingo de la Calzada, maestro del joven Santo y en este mismo ábside se encuentra una gran joya del arte funerario burgalés, es otro de los sepulcros dispuestos para alojar el cuerpo de San Juan de Ortega, de estilo románico, también se encuentra sin utilizar.
En el ábside derecho un sencillo Sepulcro, que se encuentra aquí de manera provisional, es el que custodia en verdad los restos de San Juan de Ortega. El Baldaquino y los dos sarcófagos fueron trasladados de la Capilla de San Nicolás, donde inicialmente se encontraban, a la iglesia, quedando los dos sarcófagos en una cripta debajo del Baldaquino, pero una inundación en la cripta hizo que se les ubicara en los ábsides. De la muestra escultórica de sus capiteles el más famoso es el situado en este mismo ábside, el Capitel de la Anunciación, también llamado de la Navidad, pues en él está representado todo el proceso desde la Anunciación de María, pasando por el Nacimiento hasta cuando un Ángel se les aparece a los pastorcillos para darles la buena nueva. Es en este capitel donde se produce el famoso milagro de la luz. Junto a la iglesia se encuentran el resto de edificios que completan el conjunto arquitectónico del amplio monasterio, el albergue hospitalario, el claustro chico y el grande, algunos de ellos en proceso de restauración. En el exterior, la belleza de los edificios también se hace patente y nos podemos ensimismar contemplando la monumental cabecera de la iglesia, pues es uno de los más hermosos ábsides del románico español. Todo ello unido a la paz y belleza paisajística del entorno hacen de San Juan de Ortega un lugar carismático.
Las fiestas patronales de San Juan de Ortega son el 6 de diciembre en honor de San Nicolás de Bari, y el primer sábado del mes de junio se festeja a San Juan de Ortega, siendo su fiesta el 2 de junio.
Todos los años se celebra, el primer sábado de junio, una romería en honor a San Juan de Ortega, participando en ella todos los pueblos de la comarca que acuden con sus pendones, hay feria y mercado, con abundantes puestos. También participa el colegio de Aparejadores, cuyo patrón es este santo.
En la Iglesia de San Juan de Ortega acontece el Milagro de la Luz. A las cinco de la tarde, hora solar, en los equinoccios de primavera y otoño, un rayo de sol penetra por una ventana e ilumina el capitel historiado de estilo románico que representa la Anunciación de la Virgen y va recorriendo todas las escenas desde la Anunciación hasta la Adoración de los reyes. Esto de la luz equinoccial no es lo extraordinario, pues acontece en otros lugares y edificios emblemáticos, pero si pensamos que la iglesia románica se construyó ya orientada en este fenómeno y haciendo coincidir el último rayo de sol de poniente con el único capitel historiado del templo, unido a que aquí la imagen de María mira directamente al rayo de sol que ilumina su vientre y no como es típico en las representaciones de la Anunciación de la Virgen que mira al Ángel, siendo en ese momento cuando de la cara de la Virgen parece emanar una sonrisa mientras entorna sus ojos deslumbrados por el sol, es lo que lo hacen verdaderamente destacable. Casualidad o no el equinoccio de primavera ocurre justo nueve meses antes de la Navidad. En la primavera el sol también hace renacer y fecundar la tierra, por todo ello no es de extrañar que este lugar este unido a la fecundidad, y que su santo, entre otras cosas, sea el patrón de las mujeres que desean tener hijos.
La visita al complejo monumental es libre y los horarios son de 10 de la mañana a 7 de la tarde ininterrumpidamente todos los días de la semana de primavera a otoño.
San Juan de Ortega enseguida tuvo fama de milagrero, en especial de favorecer la fertilidad y proteger los embarazos y tal fue lo que la gente del pueblo decía, que varias nobles damas e incluso reinas vinieron hasta aquí para pedirle la gracia. La misma reina Isabel la Católica acudió al santuario donde oró fervientemente para que le concediera un final bueno a su embarazo y antes de marchar pidió que se abriera la arqueta de piedra en que descansan los restos del santo para poder observarlo; fue tanta su insistencia que los monjes accedieron a ello. Y cuenta la leyenda que al abrir la tapa del sarcófago, un enjambre de abejas blancas salió, y revoloteando por encima de las cabezas de los presentes estuvieron así hasta después de que la reina viera el cuerpo incorrupto de San Juan de Ortega y cerraran la tapa. Fue entonces, y a través de un diminuto agujero, cuando volvieron a meterse en él. Desde entonces a "Las Abejas de San Juan" se las identifica con las almas de los no nacidos que esperaban a que el santo les concediera un destino para convertirse en mortales. Después de esta visita Isabel la Católica dio a luz un varón y le puso por nombre Juan.
Hasta San Juan de Ortega llegamos siguiendo la carretera local que parte en las cercanías de Zalduendo, en plena N-120 que une Burgos y Logroño, y que pasando por Santovenia de Oca llega hasta la localidad. También podemos llegar por esta misma carretera pero desde Barrios de Colina, situado en la BU-701, carretera que parte desde la N-I, en las proximidades de Quintanapalla.
Hay servicio diario de autobús de línea regular que cubre el trayecto Logroño-Burgos y que tiene parada en la N-120.
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